Heilpflanzen sind im besten Sinne des Wortes Naturprodukte, und so unterliegen die wirksamen Inhaltsstoffe natürlichen Schwankungen, abhängig z. B. von Standort, Lichtverhältnissen, Klima, Ernte oder Lagerung. Die besondere Wirksamkeit natürlicher Heilpflanzen wird unter anderem darauf zurückgeführt, dass sie eine Mischung verschiedener Wirkstoffe in sich vereinen.

Dazu zählen (in alphabetischer Reihenfolge) zum Beispiel: ätherische Öle, Alkaloide, Anthranoide, Bitterstoffe, Cumarine, Flavonoide, Gerbstoffe, Glykoside, Saponine und Schleimstoffe. Somit wirkt eine Pflanze als Vielstoffgemisch immer breitbandiger als ein schulmedizinisches chemisches Einzelmittel (Monopräparat). 

In der Pflanzenheilkunde werden ganze Pflanzen oder Pflanzenteile (Blüten, Blätter, Früchte, Samen, Stängel, Rinden, Wurzeln) verwendet, einiges davon frisch, der überwiegende Teil getrocknet. Zur Anwendung kommen sie beispielsweise als Tee, Saft oder Tinktur, zu Tabletten gepresst, als Badezusätze, in Salben oder Cremes.

Über viele Pflanzen gibt es heute Studien und wissenschaftliche Nachweise (s. u.). Auf der anderen Seite sind eine Menge Phytotherapeutika noch gar nicht untersucht worden, haben sich aber über Jahrhunderte in den Praxen bewährt und werden aus diesem Grund genau so angewendet.